廢水處理所用碳源通常被認為是含碳元素并容易被微生物利用，促進微生物生長的營養物質，現在常用的碳源是乙酸鈉、葡萄糖。碳源是常說的短碳鏈、簡單分子結構的含碳有機物。比如：單糖、多糖類，油脂類，有機酸類、酯類及小分子醇類。微生物降解有機物的過程中，其中關鍵酶、中間產物的差異，作用的微生物菌不一樣，也就是說不同的碳源降解的生物途徑存在差異。

在碳源被微生物分解過程中，即細胞合成維持細胞的生命活動、生長代謝的能量就是碳源提供的，碳源可認為是細胞生命活動所需的能量供給者，微生物菌膠團形成的框架。

碳源的用途是在污水處理廠的使用主要分為提供微生物合成菌體繁殖的主要營養、反硝化的電子供體、生物除磷協助聚磷菌釋放。也可以說碳源就是污水廠維持微生物生長最主要的原料之一。